Le réseau hydrographique du grand Sud-Ouest constitue un important réservoir de biodiversité recelant des richesses écologiques contrastées selon leur dynamique naturelle.

Les cours d’eau assurent des fonctions écologiques (migration, reproduction, habitat et transit sédimentaire), des fonctions nécessaires aux activités humaines (eau potable, agriculture…) et des fonctions de régulation essentielles à la prévention de risques (inondations…).
Différentes directives européennes déclinées dans le droit français ont institué des mesures de protection et de restauration de la qualité des cours d’eau partout en Europe.
En matière d’environnement, La SHEM, producteur hydroélectrique majeur du Sud-Ouest, participe à ce vaste objectif européen de préservation de ce patrimoine naturel. Elle contribue aux réflexions comme les Schémas Régionaux de Cohérence Ecologique (SRCE), les trames vertes et bleues et collabore à de nombreuses actions de terrain.

La SHEM collabore avec les Fédérations de pêche et les AAPPMA, l’association Migradour, le Parc National des Pyrénées, le Parc Naturel Régional des Pyrénées catalanes, les Conservatoires des Espaces Naturels Midi-Pyrénées et Aquitaine, des collectivités (Louvié-Juzon, communauté de communes de la Vallée du Louron…) et les administrations ( ​​AFB, Agence Française pour la Biodiversité​…).

Différentes actions sont actuellement en cours comme des suivis environnementaux, l’aménagement de sites, des journées de sensibilisation pour le public, de l’information et de la formation des agents de la SHEM, des programmes de recherche sur les espèces endémiques et piscicoles.

La SHEM a par ailleurs participé à la première opération coordonnée entre propriétaires de seuils et organismes d’Etat pour la restauration de la continuité écologique sur le Saison, un affluent de l’Adour.